如何使用uv在服务器安装boutpy运行所需的环境

安装uv环境

注意，服务器在安装uv环境之前需要有一个python环境。

如果没有pip环境，运行如下内容：

wget https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py
python get-pip.py --user

此时pip会被安装到用户空间，也就是~/.local目录中。如果此前该目录没有被配置到PATH中会有如下提示：

WARNING: The scripts pip, pip3 and pip3.10 are installed in '/home/xxx/.local/bin' which is not on PATH.
  Consider adding this directory to PATH

此时在~/.bashrc最后一行添加如下内容：

PATH=/home/xxx/.local/bin:$PATH

注意具体路径改为实际的路径

安装uv

curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh
pip install uv

创建bout环境

这里选择python3.9，本来原本boutpy应该是3.7版本，但是因为实在太老，有诸多限制，这里升级为3.9

uv venv --python 3.9 ~/.local/share/uv/bout

激活uv环境

输入如下命令激活刚刚安装的uv环境，也可以把这个命令放在~/.bashrc中，每次登陆都会激活当前环境。

source ~/.local/share/uv/bout/bin/activate

安装依赖

然后相关依赖如下：

boutdata==0.3.0
boututils==0.2.1
certifi==2026.2.25
cftime==1.6.4.post1
click==8.1.8
configobj==5.0.9
contourpy==1.0.6
cycler==0.12.1
fonttools==4.60.2
h5py==3.6.0
importlib-resources==6.5.2
kiwisolver==1.4.7
matplotlib==3.5.3
mpmath==1.3.0
natsort==8.4.0
netcdf4==1.7.2
numpy==1.22.4
packaging==26.0
pandas==1.3.5
pillow==8.4.0
pyparsing==3.3.2
python-dateutil==2.9.0.post0
pytz==2026.1.post1
scipy==1.8.1
six==1.17.0
sympy==1.14.0
tzdata==2025.3
zipp==3.23.0

将上述内容写成requirements.txt保存到工作目录下然后运行：

uv pip install -r ./requirements.txt

下载boutpy代码

上述python模块最重要的包含boutdata和boututils，具体增长率等内容在boutpy代码中，这里有一个升级接口之后的boutpy（相比原版部分接口有改动）。

git clone https://git.lug.ustc.edu.cn/bout/boutpy.git

设置boutpy路径

假设boutpy被保存在/home/xxx/working/boutpy下，则在~/.bashrc中添加如下内容：

export BOUT_pylib=/home/xxx/working/boutpy/boutpy
export PYTHONPATH=/home/xxx/working/boutpy:$BOUT_pylib:$PYTHONPATH
export PATH=$BOUT_pylib/bin:$PATH

其中第一行是默认登陆激活uv，后面三行是boutpy的应用库

运行

在服务器安装好之后重新登陆服务器，打开X选项：

ssh -X xxx@server

登陆好之后，此时可以使用growthrate.py命令了，具体效果如下：

which growthrate.py

/home/xxx/working/boutpy/boutpy/bin/growthrate.py

之后到具体运行bout的目录下，运行该文件：

growthrate.py -d data/

即可读取数据并且计算增长率

发送评论编辑评论